醫藥凍干機隨著現代科學技術的進步，推動了生物制藥事業的發展，傳統中藥生產擺脫了過去“作坊"式的生產方式，廣泛采用現代科學凍干技術，應用新工藝、新輔料、新醫藥凍干機設備，研究開發中藥新劑型，制備生產新制劑，從而從根本上改變了藥品制劑領域的落后面貌，從整體上提高了生物制藥水平。所以真空冷凍干燥技術也在中藥領域當中得到了非常廣泛的應用。
1.中藥材的加工與保鮮。凍干技術可用于中藥材的新型加工及活性保鮮。
真空冷凍干燥技術在應用的過程中可以非常好的保證藥材自身的外觀、顏色和氣味，同時其在應用的過程中也具有非常好的脫水性，同時在應用的過程中也可以將有效成分分解和損失降低到zui小的水平，確保藥用成分自身的活性。凍干法通常應用在人參、西洋參、冬蟲夏菜以及三七等**的加工當中。
以人參為例，采用凍干技術完成 人參的干燥所得出的人參在凍干工藝條件的影響之下，其皂苷的含量變化并不是十分的明顯。和鮮人參相比其敏感成分的差異非常小，而采用烘干的方式所制造出來的人參在人總皂苷和熱敏性上損失都非常的明顯，同時單體皂苷組成的比例在這一過程中也產生了非常明顯的變化，這也充分的證明冷凍干燥法是一種相對比較合理的干燥方法，在三七生產的過程中，采用凍干法所生產出來的三七成品質地更加的松軟，氣味更濃，切分和粉碎的時候也更為容易，皂苷的含量比傳統的方法制造出來的三七在早苷含量上高出2%，在品質上更占優勢。
2.現代中藥制劑。
①中藥脂質體及納米粒。液態脂質體是一種混懸乳劑，性質不穩定，易發生凝聚、融合，并導致其包封**泄漏。脂質體在液體狀態下只能貯存幾周，使應用受限。凍干技術使脂質體等作為**載體的優勢進一步擴大，既可單獨制備、儲存，可延長**作用時間，降低其毒副作用，提高生物利用度。
②中藥凍干粉針。需要注射用的中藥復方或單方制成凍干粉針后成型性、水溶性均優于傳統注射液，而且凍干粉針的穩定性也大大提高。
③中藥口服片劑。冷凍干燥還可用于中藥口服片劑的制備。
3.西藥制劑。
①西藥脂質體。西藥制劑的冷凍干燥技術較為成熟，目前國內較大型的制藥廠都有冷凍干燥設備，很多劑型(針劑、口服制劑、滴眼劑等)都采用了冷凍干燥工藝，提高了藥品質量和貯存期限。維甲酸等。
②西藥凍干粉針。西藥制成凍干粉針，可藥品不變質，適合長時間存放;容易實現無菌化操作;定量準確;復水性能好，如棓丙脂、等。
③其他劑型。口腔速崩片具有使用方便、分劑量準確、崩解迅速、對消化道刺激作用小等優點。凍干法制備的口崩片除具有上述優點外，還可避免藥品因高溫而分解變質，并且由于產品含水量低，微生物不易生長繁殖，易于保存。
4.生物藥品。針對大多數生物藥品的化學、物理性質不穩定，凍干已被實踐證明為一種非常有效的手段。冷凍干燥在低溫下進行，且處于高真空狀態，因此對于許多熱敏性的物質特別適用;干燥后的物質疏松多孔，溶解迅速完全;凍干產品脫水徹底，可采取真空或充氮氣包裝和避光保存，保質期長。